Splinter et les 4 tortues ont été exposés à un fluide radioactif et ne tardent pas à muter. Ils adoptent une taille et une forme humanoïdes. Splinter voit là un moyen de venger la mort de son maître et décide de former les tortues aux arts martiaux (qu'il a lui-même appris en observant son défunt maître) afin qu'elles puissent affronter l'assassin Shredder et ses sbires, le clan Foot.

Devenues adolescents, Leonardo, Raphael, Michaelangelo et Donatello, les tortues ninjas, protègent secrètement New York des pires criminels comme Shredder ou le savant fou Baxter Stockman.